在文化、教育事业得到发展的同时,上虞的卫生事业也得到初步发展。解放初,县卫生院兼管卫生行政。1952年4月,县人民政府防疫委员会成立,次年改称县爱国卫生运动委员会。1952年8月,县政府设立卫生科,作为管理全县卫生事业的行政机构。上虞县人民政府卫生院是县内最大的医疗机构,后改称上虞县人民医院。
医疗技术上实行中西医并举。1950年11月,县卫生院主持召开全县中医师大会,将解放前成立的中医师公会改组为中医工作者协会,有会员92人,会友57人。1952年与医务工作者协会合并,成立上虞县卫生工作者协会。同时,在中医药人员的培养上逐步减少以师带徒的传统方式,代之以通过中医进修班培养。解放初,西医人员远远少于中医,影响也有限,但发展速度快于中医。西医开设的临床科室较快增加,诊断治疗器械不断增添更新,使其在医疗上的地位和影响迅速扩大。
上虞是血吸虫病流行区之一,新中国成立初期,县卫生部门即着手进行调查。1951年12月,华东军政委员会指示有关县市大力开展农村血吸虫病防治工作。次年5月,绍兴血吸虫病防治所派20人来上虞指导帮助调查,历时半年,初步摸清了疫情及其大体分布范围。全县共有18个乡镇104个行政村流行血吸虫病,10余万人受到威胁,主要分布在章镇、丰惠两区和百官、东关的少数村队。1952年11月,县血吸虫病防治站建立,站内配有病床10张和显微镜等设备,上虞的血防工作有了专职机构。血防站成立当年,即对已确诊的病人进行突击治疗。此后,坚持每年春秋两季查螺灭螺,查病治病。
在开展爱国卫生运动的同时,群众性的体育运动也在全县开展起来。但20世纪50年代因受条件限制,上虞的体育活动大多局限于强身健体和业余爱好,学校体育活动则以广播操、田径、球类为主,民间体育活动有舞龙舞狮、篮球、乒乓球、武术、拔河等,竞技体育比较薄弱。1951年,县政府重修扩建位于丰惠镇的原县立体育场,并举行县级首届体育运动会,设田径、篮球、团体操表演等项目,以区为单位组队参赛。同年11月,上虞选拔3位运动员代表绍兴专区参加浙江省第一届人民体育大会。此外,春晖中学和县立初级中学率先推行第一套广播体操,并陆续实施国家《准备劳动与卫国体育制度》,加强学生的体能体质锻炼。